Трудовой договор

Насколько я понимаю, Вы совсем не понимаете разницу между трудовым договором и гражданско-правовым договором. Давайте по порядку.
Трудовой договор – его регулирует КЗоТ, заключая этот договор с сотрудником, предприятие (в частности работодатель) требует от сотрудника исполнения внутреннего трудового распорядка на предприятии (устанавливает продолжительность рабочего дня, выходные или праздничные дни, продолжительность перерыва и пр.), гарантирует ему минимальные социальные гарантии, предусмотренные законодательством (предоставляет ежегодный отпуск, оплачивает больничный и пр.), а за это выплачивает ему заработную плату (минимум два раза в месяц – аванс и зарплату). Помимо этого, при заключении такого договора, работодатель (или отдел кадров на предприятии) делает запись такому сотруднику в трудовую книжку.
Гражданско-правовой договор заключается работодателем при необходимости выполнения какого-то конкретного объема работ. Его заключение регулируется Хозяйственным кодексом Украины. Здесь лицо, заключившее его с Вашим предприятием, не подчиняется внутренним трудовым распорядкам предприятия. Он выполняет указанный объем работ в любое удобное для него время на свой страх и риск. Не имеет права на оплату больничного или предоставления ему отпуска. Оплата производится аккордно, т.е. сразу по факту выполнения работы и оформляется актом выполненных работ, на основании которого и производится данная оплата.
Теперь Вам нужно определиться какого рода Вы заключили договора с Вашими сотрудниками. Причем хочу Вас предупредить назвать договор Вы можете как угодно – главное какая у него суть. Если заключенные договора по своей сути трудовые, то люди это могут легко доказать с суде и потребовать соответствующих выплат (компенсация за неиспользованный отпуск, больничный и пр.).
Ну и, наконец, ответ на Ваш вопрос. Льгота применима только к доходам в виде заработной платы, т.е. тем выплатам, которые производятся по трудовым договорам (независимо от того работали они в штате или нет). Значит, если Вы выплачиваете этим людям заработную плату, то, при подаче соответствующего заявления, они имеют право на льготу. Если Вы выплачиваете вознаграждение по гражданско-правовому договору, то, естественно, никаких льгот такие люди не имеют.