В ситуации, которая описана в вопросе, нет ничего противозаконного. Вы оказываете ряд услуг, своим клиентам. Перечень этих услуг Вы приводите и в первичных документах (счетах, актах выполненных работ), которые оформляются при оказании этой услуги. Это прямое требование Закона Украины «О бухгалтерском учете и финансовой отчетности в Украине», которое Вы выполняете в точности.
То, что для оказания услуги по перевозке Вы кого-то еще привлекаете со стороны, в данном случае не имеет никакого значения. Даже если сумма за перевозку в Вашем счете полностью совпадает с той суммой, которую Вы платите, нанимаемому со стороны перевозчику. Насколько я понял, вся сумма и за перевозку, и за экспедиционные услуги, платится Вам целиком, а Вы уже потом, рассчитываетесь с перевозчиком и включаете эти суммы в расходы.
Таким образом, ничего противозаконного, повторюсь, в этом нет, тем более, что сумма, которую Вы платите перевозчику, может и не совпадать с той суммой, которую за перевозку своим клиентам выставляете в своем счете Вы. Она может быть увеличена хотя бы на суммы банковских комиссий, которые полностью ложатся на Ваши плечи, в связи с транзитом (перечислением перевозчику) средств.